En los albores de la colonización en Honduras, el panorama educativo estaba fuertemente impregnado por la presencia y la influencia de la Iglesia Católica. Durante este periodo, que abarcó los siglos XVI y XVII, la educación superior se encontraba limitada a unos pocos privilegiados, principalmente aquellos vinculados a la Iglesia y la élite social de la época.

La Iglesia Católica desempeñó un papel dominante en la provisión de educación durante la colonia. Las órdenes religiosas establecieron escuelas y seminarios para la formación de sacerdotes y líderes religiosos. Estos centros educativos también sirvieron como semilleros de conocimiento para la élite colonial, marcando el acceso restringido a la educación superior.

El acceso a la educación superior en este periodo estaba estrechamente ligado al estatus social y a las conexiones con la Iglesia. La mayoría de la población, compuesta en su mayoría por indígenas y mestizos, tenía escasas oportunidades para acceder a estos centros educativos

Los programas académicos de la época se centraban en estudios teológicos, filosofía y humanidades clásicas. La educación estaba diseñada para formar líderes eclesiásticos y mantener el control cultural y religioso sobre la población.

A pesar de las limitaciones, algunos indígenas y mestizos lograron acceder a la educación superior, desafiando las restricciones sociales establecidas. Este periodo también presenció las primeras manifestaciones de resistencia cultural y la emergencia de pensadores que abogaban por una educación más inclusiva.

Los inicios coloniales dejaron un legado profundo en la educación superior de Honduras. La conexión íntima entre la Iglesia y la educación perduró durante mucho tiempo, influyendo en la forma en que se estructuraron las instituciones educativas en los siglos venideros. Este periodo también generó debates sobre la equidad en el acceso a la educación, sentando las bases para futuras transformaciones.
Este vistazo a los inicios coloniales revela las complejidades y desafíos que marcaron el nacimiento de la educación superior en Honduras, estableciendo un punto crucial para comprender su evolución a lo largo de los siglos.